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用胃蛋白酶裂解抗体时，所得到的大片段与抗原结合仍能形成沉淀。紧接着，波特又根据对第一、第二片段氨基端氨基残基的分析，提出IgG分子是个开放性的单肽链结构。尽管随后的研究证明，波特的单肽链抗体模型存在这一些问题，但是他关于抗体三片段的研究结论却是正确的。这项研究成果被生物化学和免疫学界誉为抗体结构研究中“突破性的成果”。
1961年，美国生物化学家埃德尔曼在波特研究的其实下，进一步深入开展了抗体结构的研究，公布了他的抗体二硫键还原实验的结果，提出抗体分子不是只有一个肽键，而是由多个肽键构成的。波特又从中受到启发，立即进行“比较实验”：在重做自己原先的抗体酶解实验的同时，也做埃德尔曼的抗体还原实验，将两种实验的结果加以比较分析。在实验过程中，他修改了埃德尔曼的实验方法得到两种仍能与抗原结合的肽键。他暂称A链和B链。1964年起，这两种链被称为“重链”和“轻链”，重链分子量在5万左右，轻链分子量约为2万。在谨慎细微地综合分析了比较实验的结果之后，波特得出了一个新设想，即关于抗体的Y型分子机构模型——四肽链模型。这个模型含有两个轻重链对，每一轻重链对之间和两条重链之间都有二硫链连接，但轻链与轻链不相连接。
抗体Y型结构
1962年，波特在美国哥伦比亚大学学报上发表了题为《免疫球蛋白G和抗体的结构》的论文，抗体四肽链模型被公诸于世，立即引起了学术界的强烈反响。抗体四肽链模型为阐明抗体的结构和它的特异性之间的关系提供了重要依据。对抗体在其与抗原结合反应中的作用机制做出了形象的解释，并为抗体各肽链氨基酸的测序工作提供了关键性的思维模式，为在分子水平上开展免疫学研究奠定了基础。
1967年，波特到牛津大学后，他和同事通过把蛋白质化学和DNA技术有效地用于免疫系统的一些分子的复杂性研究，使免疫现象的研究从抗体分子扩大都补体。他们的研究主要集中在补体成分的结构和活性方面。80年代初，波特研究小组确定了主要的组织相容性基因复合体的补充体基因序列(MHC)。这些基因编码的补体之一是很高的同质多晶型C4。C4在补体序列中占重要地位，它与抗体和细胞表面抗原共价结合，与其他补体成分和控制蛋白质非共价结合。波特推测，因能影响补体活性水平，C4的同质多晶体的结构可能会阐明MHC与其某种疾病的关系。波特很喜欢这方面的工作，他计划使C4蛋白质晶体化作为他退休生活的开始波特在生物化学杂质及其他杂质上发表过许多文章，如《免疫反应蛋白的结构》(1967年)《免疫蛋白球的抗原结合部位》(1972年)等。
由于波特在抗体研究方面的卓越贡献，与1972年获得诺贝尔生理学医学奖。
1985年9月6日，波特在其68岁寿辰前一个月不幸惨遭车祸，令人遗憾的结束了他追求科学真理的光辉一生。
